Prototype 2 расскажет историю одного сержанта, который в первый день катаклизма потерял свою семью. Нью-Йорк полностью изменился, его улицы охвачены зверством мутантов, а виной этому - главный герой первой части - Алекс Мерсер. Теперь вы жаждите мести и сделаете все, чтобы добраться до главного мутанта. Ваше тело поразил вирус, который позволяет получать способности своих поверженных врагов. Таким способном, вы можете сделать из себя универсальное оружие, которое, в конечном итоге, постарается уничтожить Алекса Мерсера. Каждое выигранное сражение позволяет вам улучшить способности главного героя и, тем самым, сражаться с более сильными врагами. Нью-Йорк лежит в руинах, но благодаря своим способностям, вы можете при помощи элементов паркура быстро передвигаться и добираться до нужного места. Главная ваша задача - найти и уничтожить Алекса Мерсера, но перед этим у вас будет возможность комбинировать различные мутации и создать свой уникальный набор способностей.
Главный герой игры, Алекс Мерсер, является «Prototype» - могущественной машинной для убийств. Кто вас таким сделал? Кем вы были раньше? Как вам вернуть воспоминания? На эти вопросы вы постараетесь получить ответ. Могущественная корпорация, правительственная армия и различные мутанты с уникальными способностями попытаются вас остановить. Но вы были созданы, чтобы уничтожать все живое и равных вам нет! Вы обладаете уникальной способностью перенимать умения поверженного врага. Так каждый убитый вами мутант позволит вам стать сильнее и получить новые способности. Игра «Prototype» от начала до самого конца просто наполнена экшеном и красивыми сражениями. Действия происходят в современном Нью-Йорке, который проработан до мельчайших деталей. Город живет своей жизнью и любое сражение приводит к хаосу и панике мирных жителей. Главное оружие Алекса Мерсера - это его уникальная способность перенимать умения поверженного врага, так вы сможете сделать из главного героя просто непобедимое оружие, безжалостного мутанта с огромным количеством полезных способностей.