Вы - один из участников эксперимента, который должен был изменить человечество, сделав человеческую расу более совершенной. Находясь на борту космической станции «Талос-1», которая кружит на лунной орбите, вы обнаруживаете, что станцию захватили инопланетные существа. Теперь вы должны выживать, а для этого ищите подручные средства, скрывайтесь и используйте инопланетные технологии. Разработчики «Arkane Studios» отошли от изначальной идеи сюжета «Prey 2», который в большей степени должен был проходить на Земле. Они добавили в игру элементы RPG, а также, что важно, влияние ваших решений и действий на сюжет самой игры.